دوره های تحصيلات تكميلي کارشناسي ارشد و دکتری عالي ترين سطوح علمي دانشگاهي مي باشند. در اين مقاطع عالي علمي، فعاليت آموزشي زماني ارزشمند است که همراه با تحقيق باشد تا از اين رهگذر، علاوه بر کشف ندانسته ها و گسترش مرزهای دانسته ها، فطرت پويايي و جستجوگری دانشجو و پژوهشگر نيز رشد و تكامل يابد. در حقيقت، دوره های تحصيلات تكميلي محل تلاقي و فصل مشترک آموزش و پژوهش در عالي ترين سطح خود مي باشد که در آن برجسته ترين دانش پژوهان جامعه به عالي ترين مباحث علمي نظری و عملي مي پردازند. از سوی ديگر، در اين مقاطع است که دانش و فناوری از جوامع پيشرفته تر جذب و بومی سازی مي شود و همراه با خلاقيت ها و ابتكارات برای استفاده داخلي ارائه مي گردد.

حوزه تحصيلات تكميلي دانشگاه شهيد رجائي پذيرش دانشجويان در دوره کارشناسي ارشد را از سال ۱۳۸۴ با پذيرش رسمي دانشجو در پنج رشته تحصيلي آغاز کرد و در سال های بعد به منظور تربيت نيروی متخصص مورد نياز کشور و در راستای اهداف برنامه پنجم توسعه، نسبت به افزايش شمار رشته ها در دوره کارشناسي ارشد و در نتيجه پذيرش تعداد بيشتر دانشجو اقدام نمود. اين حوزه به فضل الهي و همت مديران و کارکنان دانشگاه، در حال حاضر در ۴۲ رشته تحصيلي مصوب در دوره کارشناسي ارشد و ۱۱ رشته تحصيلي مصوب در دوره دکتری با مجوز وزارت علوم، تحقيقات و فناوری فعالیت دارد و از طريق کنكور سراسری دوره های تحصيلات تكميلي دانشجو مي پذيرد. مدیریت تحصیلات تکمیلی دانشگاه، علاوه بر سامان دهی و نظارت بر امور جاری تحصیلات تکمیلی در سطح دانشگاه، به دنبال افزايش کيفي دوره ها و راه اندازی دوره های جدید بین رشته ای مي باشد.